L'idée du Denkfest est née en 2009 lors d'une retraite de la Libre Pensée Suisse. L'objectif annoncé était d'amener les scientifiques sur scène, de rendre leurs travaux accessibles au grand public et de faciliter un échange d'idées animé. La première édition a eu lieu en septembre 2011. Pendant quatre jours, 40 artistes, conférenciers et invités se sont produits sur scène devant 420 participants originaires de 15 pays. Les conférenciers et les participants ont avoué qu'il s'agissait d'un événement extrêmement stimulant et agréable.

En septembre 2014, le deuxième Denkfest a eu lieu à Zurich. Les principaux sujets abordés étaient la médecine basée sur l'évidence, l'évolution et l'éthique pour le 21e siècle.

Le Denkfest 2017 était consacré au thème "Réformes de la pensée" - c'était notre contribution à l'année anniversaire de la Réforme. L'historien Bernd Roeck a débuté en posant la question de savoir si la Réforme était un précurseur nécessaire aux Lumières. Au total, environ 650 personnes y ont participé.

Le Denkfest 2020 a dû être reporté d'un an à cause du coronavirus. Il aura probablement lieu du 10 au 12 septembre 2021 au Volkshaus de Zurich.