L'idée du Denkfest est née en 2009 lors d'une retraite de la Libre Pensée Suisse. L'objectif annoncé était d'amener les scientifiques sur scène, de rendre leurs travaux accessibles au grand public et de faciliter un échange d'idées animé. La première édition a eu lieu en septembre 2011. Pendant quatre jours, 40 artistes, conférenciers et invités se sont produits sur scène devant 420 participants originaires de 15 pays.